ストーリー
第1章
宇宙世紀0079年、[[V作戦]]の発動したサイド7のコロニーに住んでいた少年、[[カイン・ラグナード]]は、突如襲来した2機の[[ザクII|ザク]]によって両親を失い、戦災孤児として保護される。それから4年後の宇宙世紀0083年、カインは戦災孤児が多くを占める連邦の特殊部隊『シャドウズ』の一員として、ジオン残党の摘発や殲滅に明け暮れていた。
そんなある日、カインはシャドウズの創始者にして孤児達の後見人を務める[[ルオンズ・ヤージ]]中将から中東に拠点を置くジオン残党のリーダーの暗殺を依頼され、同じチームの[[リネマ・サント]]、[[ザルフ・ワッケン]]と共に地球へと赴く。しかし、それが自分の運命を狂わせていくことにカインは気付く事は無かった………
ヘルズゲートに赴いたカイン達を待っていたのは、この要塞の支配者である[[カノラ・ゾンクシー]]と、その敵から明かされたヤージの本性であった。恩師であったヤージの裏切りに苦悩しつつも、カインは仲間達と共に要塞からの脱出を敢行する。だが、リネマとザルフはその過程で戦死。残されたカインは復讐を胸に、1人宇宙へと脱出していった。
一方、かつてのサイド4コロニー「ロディニア」の宙域で活動を続ける宇宙海賊『シュテンドウジ』は、同じ宙域でテロ活動を行う[[ジオン残党軍]]の部隊『ファラク』に目を付けられ、殲滅の危機に直面しつつあった。そんな中、海賊の一員である[[セリア・ハウザー]]がカインの乗ったHLVを発見し、兄の[[ウイングス・ハウザー|ウイングス]]と共に彼を保護。ファラクの襲撃が近づく中で、意識を取り戻したカインは再び戦うために動き出した。
第2章
カインの参戦で、攻撃を仕掛けてきたジオン残党部隊『ファラク』を追い返した『シュテンドウジ』。その主要メンバーと合流したカインは、全てを明かした上で自身も海賊に協力して『ファラク』を迎え撃つ旨を告げる。同じ頃、反撃を受けて撤退を余儀なくされた『ファラク』も、首魁である[[ロギ・リニトラム]]の檄の元で全兵力を用いて『シュテンドウジ』の殲滅を決意。双方の全面対決へと発展した。
圧倒的な戦力を有する『ファラク』であったが、カインの培った驚異的な戦闘、狙撃能力。加えて強化された[[ジム・カスタム|シルバー・ヘイズ]]や[[セイバーフィッシュ|セイバー・ブースター]]、また[[ジム・コマンド|ハイブースト・ジム]]を駆るセリア、急遽[[ドム・バラッジ]]で参戦したジントの活躍。加えて敵の主力パイロット、[[マハガン・レズナー]]の戦闘放棄によって、敵戦力を大幅に落とすことができた。
だが、ロギが密かに保有していた決戦用のモビルアーマー[[ザクレロ|ウムガルナ]]を投入したことでカイン達は一転して窮地に立たされる。そこにジントが駆け付けるが、その場でロギから驚愕の事実が付きつけられる。<br />ジントはロギの手で殺害されるが、直後にウムガルナもロギと共に虚空へと爆散。戦闘は『シュテンドウジ』の勝利に終わった。しかし、ロギの暴露した真実、ジントが明かした胸の内はクルー全体に少なくない影響を残すという結果も残すことになった。
戦闘が終結した後、カインは怨敵であるヤージを抹殺するために[[ジム・スナイパーカスタム]]を駆って、密かにコロニー『ギムナシオン2』へと向かうのであった。
第3章
『ギムナシオン2』に潜入してヤージの暗殺を謀るカインであったが、当のヤージは軍を退役して政治家に転身するという野望を今まさに実行している最中だった。チャンスを伺っていたカインであったが、直後に別行動を取っていたシャドウズ『チーム6』の面々と遭遇。カインからヤージの本性を聞かされたチーム6のホーグ、サイラス、ローデシアンは、証拠を持ってくることを条件にカインを見逃すが、ロディニアの周囲には連邦軍の捜査の手が及んでいた。カインは[[ジム・スナイパーカスタム]]を囮にして連邦軍を引き離し、その後シュテンドウジと共にサイド4を離れていった。
1年後、カインやシュテンドウジの面々はモビルスーツを擁する民間軍事会社『マリア・シールド社』を立ち上げ、その経営は軌道に乗りつつあった。一方、政治家に転身したルオンズ・ヤージはサイド1のコロニーを訪れる。表向きはコロニーの抱える貧困についての視察、しかしその実態は、かねてから連絡を取っていたジオン残党の組織と密会するためであった。ところが、密会の場所で待っていたのは、かつて処刑した筈のカインであり、ヤージは成す術も無く拉致されてしまっていた。
想像を絶する凄絶な拷問でヤージから様々な悪事を暴露させたカインは、『ギムナシオン2』で待っていたチーム6にその情報を提供。これを使ってヘルズゲートへの戦端を開くという提案に、ホーグ達は密かな歓喜を覚えるのであった。
一方、セリアの幼馴染である青年、ミリハスはカインの復讐に懐疑的であり、彼が復讐を果たすなら自分達の前から去ってほしいと密かに願っていた。その密かな願いは行動となり、遂にミリハスはウイングス達に内密でヤージを脱走させたのであった。しかしそれは、シュテンドウジの皆を巻き込みたくないというカインの意志と合致した連携であり、カインは拉致したヤージを伴ってチーム6と合流。復讐を果たすべく地球に降りようとしていた……