ミッションパック
;[[ガンダムF90-Aタイプ|(Aタイプ) アサルトタイプ]]
:長距離侵攻仕様。敵陣深くに単独で侵攻し、重要拠点をビームバズーカで奇襲する。両肩に[[ミノフスキークラフト]]式の機動ユニット、手足のハードポイントに大量の推進剤タンクを備え、長時間の大気圏飛行を可能にしている。
;[[ガンダムF90-Bタイプ|(Bタイプ) ボンバードタイプ]]
:重爆撃仕様。機体各所に大型のミサイル・コンテナ、キャノン、グレネードを装備し高火力を誇る。
;[[ガンダムF90-Cタイプ|(Cタイプ) コールドネスタイプ]]
:寒冷地仕様。防寒用マントやヒーターユニットなどの防寒装備に加え、脚部に滑走用のスキーユニットを装備している。
;[[ガンダムF90-Dタイプ|(Dタイプ) デストロイドタイプ]]
:接近・制圧戦仕様。敵主力の面制圧用の装備を備える。実体弾かつ、近距離用の重火器が多い。
;[[ガンダムF90-Eタイプ|(Eタイプ) エレクトリックタイプ]]
:電子戦仕様。早期警戒仕様とも。書籍『ENTERTAINMENT BIBLE.25 機動戦士ガンダム MS大図鑑 PART.4 MS開発戦争編』に掲載されている物と、プラモデル『MG 1/100 ガンダムF90用ミッションパック Eタイプ＆Sタイプ』用の新規デザインとで、ミッションパックの形状が異なる。
;[[ガンダムF90-Fタイプ|(Fタイプ) ファイトタイプ]]
:格闘戦仕様。両手にビームの棘を発生させるナックル状の装備と、腰部ハードポイントにサブスラスターとサブアームを内蔵したバインダーユニットを装着している。サブアームにはF90本体に装備されたビームサーベルを持たせることができる。
;[[ガンダムF90-Gタイプ|(Gタイプ) ガードタイプ]]
:警備・護衛仕様。右肩にソード形態とライフル形態の二通りの機能を持つマルチプル・ビーム・ウェポン、左肩に上下へ可動する大型シールドを装備しており、遠方から迫るミサイルの迎撃やMSとの格闘戦などに柔軟に対応する事が可能となっている。
;[[ガンダムF90-Hタイプ|(Hタイプ) ホバータイプ]]
:陸上機動戦仕様。ジオン軍の[[ドム]]のホバー移動をヒントにした装備であり、陸上をホバー移動で迅速に移動し、両肩のミサイルポッドを使用した一撃離脱戦法を取ることを目的としている。ただし、F90はドムよりも小さな機体であるために推進剤の搭載量も少なくなっており、ホバー走行を維持できるのは合計4時間程度となっている。
;[[ガンダムF90II-Iタイプ|(Iタイプ) インターセプトタイプ]]
:迎撃・追撃戦仕様。巨大な「フライトシールド」を装備しており、この盾は[[サブ・フライト・システム|SFS]]として飛行から大気圏突入までをサポートできる。
;[[ガンダムF90-Jタイプ|(Jタイプ) ジャケットタイプ]]
:増加装甲仕様。全身にフルアーマーユニットを装備している。
;[[ガンダムF90-Kタイプ|(Kタイプ) キープタイプ]]
:守備隊・持久戦仕様。試作型メガ・ビーム・シールドと[[Iフィールド|Iフィールド・ジェネレーター]]を装備しており、堅牢な防御力を発揮する。
;[[ガンダムF90II-Lタイプ|(Lタイプ) ロングレンジタイプ]]
:長距離狙撃仕様。主武装のロングレンジライフルは、ビーム、実体弾のどちらも撃てる仕様となっており、状況に応じて使い分ける事ができる。実体弾はF90からの指令によって一度だけ方向転換を行うことができ、遮蔽物に隠れた敵機でも狙撃できる。
;[[ガンダムF90-Mタイプ|(Mタイプ) マリンタイプ]]
:水中戦仕様。全身に魚雷など水中用武装を装備している。
;[[ガンダムF90-Nタイプ|(Nタイプ) ネクストタイプ]]
:『F90FF』以前は一切の詳細が不明だった仕様<ref>「Nタイプ」の名称についても「核武装=Nuclea」とも「ニュータイプ=NewType」とも、はたまたそのダブルミーニングとも推測されていた。書籍『機動戦士ガンダムF91 オフィシャルエディション』の記載によれば、本タイプを基にF91が開発されたとされるが、Vタイプとの誤植の可能性もある。</ref>。サナリィが開発した極秘ミッションパックの一つで、戦闘機ハルファイターとの合体形態となっている。
;[[ガンダムF90-Oタイプ|(Oタイプ) オフィサータイプ]]
:指揮官仕様。バックパックにマウントされたバルカン及び大型ブレードアンテナで構成された複合ユニットによって牽制能力と通信能力に長けており、主兵装であるモード切り替え機能付きの強化型ビーム・ライフルによって戦況の変化に柔軟に対応する事が可能。
;[[ガンダムF90-Pタイプ|(Pタイプ) ブランジタイプ]]
:大気圏突入仕様。WR形態への変形が可能。
;[[ガンダムF90-Qタイプ|(Qタイプ) クイックタイプ]]
:高機動型。新型推進装置を装備し、機動力を向上させている。
;[[ガンダムF90-Rタイプ|(Rタイプ) レコノイタータイプ]]
:偵察・調査仕様。[[ミノフスキー粒子]]散布下の偵察任務に特化しており、上半身に光学式カメラユニットを有するステルスアーマー、両腕部に光学式カメラガン・ユニットを装備している。
;[[ガンダムF90-Sタイプ|(Sタイプ) サポートタイプ]]
:長距離支援仕様。足を止めての遠隔支援砲撃用であり前線運用は考えられていない。この仕様の試験結果から[[キャノンガンダム]]と[[Gキャノン]]が派生機種として誕生する。
;[[ガンダムF90-Tタイプ|(Tタイプ) トレーサータイプ]]
:追撃戦仕様。バックパックに長距離用の大型推進器、両肩に可動式の大型シールドを装備している。
;[[ガンダムF90-Uタイプ|(Uタイプ) アップリフトタイプ]]
:大気圏離脱仕様。上半身前面に保護用のフェアリングカバー、バックパックに出力と推力を補う大型のブースターパックを接続している。
;[[ガンダムF90-Vタイプ|(Vタイプ) ヴェスバータイプ]]
:新規格火器試験仕様。実質的な[[ガンダムF91|F91]]のプロトタイプ。F91の設計仕様がある程度固まってから開発された。
;[[ガンダムF90-Wタイプ|(Wタイプ) ウォーバードタイプ]]
:飛行試験型。Pタイプと同様に可変機構を有する[[ミノフスキードライブ]]の試験仕様。ノウハウは[[レコードブレイカー]]に活用された。
;(Xタイプ) エキストラタイプ
:詳細不明。[[Gアーマー]]に相当する装備とも。
;(Yタイプ) ヤングスタータイプ
:次世代仕様。詳細は[[クラスターガンダム]]を参照。
;(Zタイプ) ゼロタイプ
:詳細不明。F0-1号機とも。